La Inquisición o "Santa Inquisición", es lo que hacían las instituciones del seno de la iglesia católica, dedicadas a castigar y hacer desaparecer la herejía, que era lo que lo que entraba en conflicto con el dogma. La herejía en la era medieval europea se castigaba con la pena de muerte, después de brutales torturas. Según la iglesia católica, se empleó la tortura solo en casos excepcionales, los acusados eran interrogados y castigados.
La inquisición medieval se fundo en 1184 en la zona de Languedoc, en el sur de Francia, para combatir la herejía de los cátaros o albigenses. En 1249 se implantó también en el reino de Aragón, siendo la primera inquisición estatal. En la Edad Moderna, con la unión de Aragón y Castilla, se extendió esta con el nombre de Inquisición española (1478-1821) bajo el auspicio de la monarquía hispánica, cuyo ámbito de acción se extendió después a los territorios conquistados en lo que sería América. La Inquisición portuguesa (1536-1821) y la Inquisición romana (1542-1865). Las víctimas eran seres humanos, e incluso animales, acusados de brujería o de homosexualidad.
En los comienzos de la iglesia, la pena habitual por la herejía era la excomunión. Cuando los emperadores romanos convierten el cristianismo en religión tolerada en el Siglo IV, los herejes empiezan a considerarse enemigos del Estado. En su momento San Agustín aprobó con reservas la acción del Estado contra los herejes. Aunque el procedimiento inquisitorial como medio para combatir la herejía es una práctica antigua de la Iglesia católica, la Inquisición episcopal, primera fórmula de la inquisición medieval, fue establecida en 1184 mediante la bula del papa Lucio III, como un instrumento para acabar con la herejía cátara.
En España, la inquisición real se implantó en la Corona de Castilla en 1478 por la bula del papa Sixto IV, con el objeto de terminar con las prácticas judaizantes de los judeo conversos de Sevilla, uno de cuyos condados se llamaba Yusif Franco, caso del que más tarde se vieron irregularidades procesales. A diferencia de la inquisición medieval, la impulsó directamente la monarquía, es decir, de los Reyes Católicos. Tras una nueva bula emitida en 1483, la inquisición se extendió a los reinos de la Corona de Aragón, incluyendo Sicilia y Cerdeña, y a los territorios de América. Hubo tribunales en México, Lima y Cartagena de Indias, y se nombró Inquisidor General a Tomás de Torquemada, de una familia de conversos, el confesor de Isabel había sido rabino.
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