Su principal aporte a la literatura es la observación y valoración objetiva, documental y psicológica de la realidad que le rodeó. Dotado de una gran agudeza psicológica a la hora de conocer a las personas.
En sus novelas reflejó una original filosofía realista, producto de su observación objetiva, impregnada de un profundo pesimismo, pero que predicaba una especie de redención por la acción, de ahí los personajes aventureros y vitalistas que inundan la mayor parte de sus novelas.
La vida política de Baroja acusa gran incoherencia, al igual que otros aspectos del escritor, pero al cabo se deja ver una evolución hacia el conservadurismo similar a otros autores de la Generación del 98 como Azorín, Unamuno (pero no como Antonio Machado o Ramón Valle-Inclán).
Los periodos anarquistas y republicanos se localizan al principio de su trayectoria, y los totalitarios al final. Todos ellos reflejados en su obra periodistica. En su primera etapa de bohemia en Madrid, tuvo contacto con anarquistas españoles. Después se alineó con el Partido Republicano Radical. Curiosamente fue cofundador de la Asociación de Amigos de la Unión Soviética. Luego critica el advenimiento de la Segunda República Española.
Entre 1913 y 1935 aparecieron los 2 volúmenes de una larga novela histórica, Memorias de un hombre de acción. En 1938 publicó Comunistas, judíos y demás ralea, donde se muestra hostil a la democracia y a la política en general. Asimismo fue un asiduo del género memorialístico y autobiográfico.
El Baroja narrador creía insuficiente el arte para reflejar lo que a él más le importaba: la verdad de la vida, su reflejo literario, si de veras era sincero, debía despertar la misma insatisfacción que provocaba su propia vida.
